La misma orden ha habitado el monasterio desde sus inicios, viviendo en reclusión como siempre lo han hecho. Los monjes Jerónimos constituyen una pequeña comunidad religiosa intrínseca a España. Solo hay dos monasterios habitados por la orden: San Jerónimo y Santa María del Parral en Segovia.
Hay dos tipos de alojamiento:
Fuera del monasterio: 8 habitaciones individuales, cada una con baño privado. Se admiten hombres y mujeres.
Dentro del monasterio: 5 habitaciones individuales, cada una con baño privado. Disponible exclusivamente para hombres dispuestos a compartir la vida religiosa de los monjes.